Trong hệ thống hệ thống danh pháp MEROPS phân loại protease, subtilisin (EC.3.4.21.62) thuộc phân nhánh SB của nhóm serine protease (EC.3.4.21.-) với điểm đặc trưng là sử dụng đơn phân serine (Ser) nằm trong trung tâm xúc tác phản ứng của enzyme. Ngoài subtilisin, trong phân nhánh SB còn có các protease liên quan đến quá trình xử lý tiền hormone như KEX2 protease, furin, và PC2.